申报税额为0但公司已扣税，可能引发以下法律风险。
1. 税务处罚风险：例如，公司虽申报税额为0，却未依法代扣员工个税，一旦被税务机关查实，将面临罚款或滞纳金。如某科技公司因未代扣高管个税，被税务机关追缴税款并处罚款2万元。
2. 信用受损风险：税务机关会将违规企业列入税收异常名录，影响公司信用评级，进而导致银行贷款受限、丧失政府采购资格等后果。例如某商贸公司因申报异常被列入税务黑名单，无法参与招投标。
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申报税额为0且公司已扣税时，常见的错误操作可能带来法律风险。
1. 忽视个税代扣义务：误以为公司企业所得税为0就无需代扣员工个税，导致未依法履行代扣代缴义务，从而面临税务处罚。
2. 虚构亏损或虚假享受税收优惠：为降低税负而虚报亏损或不符合条件享受税收减免，可能构成偷税行为，面临补税、罚款甚至刑事责任。
3. 未保留相关证据材料：如未保存税收优惠审批文件、财务报表等，一旦税务机关核查，无法提供合法依据，可能导致申报无效。

如您发现公司存在上述行为或对税务申报有疑问，我可以为您提供解答，帮助您进行合规审查，避免法律风险。
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申报税额为0且公司已扣税的法律依据主要来自《中华人民共和国企业所得税法》及相关税收政策。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第五条、第六条规定，企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。若公司应纳税所得额为零或负数，其企业所得税申报税额为0属于合法情形。

此外，《财政部 国家税务总局关于扩大小型微利企业所得税优惠政策范围的通知》（财税〔2017〕43号）等文件规定，符合条件的小型微利企业可享受企业所得税减免政策，导致申报税额为0。

同时，《中华人民共和国个人所得税法》第九条规定，扣缴义务人应当按照规定办理全员全额扣缴申报，并依法代扣代缴税款。因此，即便公司企业所得税申报为0，只要员工有应纳税所得，公司仍需履行代扣代缴个税义务。

综上所述，申报税额为0并不等同于公司无纳税义务，需结合公司类型、经营状况、税收优惠政策等综合判断其合法性。
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申报税额为0且公司已扣税的情况，需根据具体情形判断是否合理。
如果公司已扣税但申报税额为0，可能是因为公司符合免税条件、享受税收优惠政策或当期亏损。具体可分为以下几种情况：

1. 若公司符合国家规定的免税条件（如小微企业免税政策），申报税额为0是合法的，但已扣税可能来自员工工资代扣个税。
2. 若公司享受税收减免政策（如高新技术企业、小微企业所得税减免），也可能导致申报税额为0，但实际经营中仍存在代扣代缴义务。
3. 若公司实际经营亏损，企业所得税应纳税所得额为负，导致申报税额为0，但员工个税仍需正常代扣代缴。
4. 若公司存在收入却故意申报税额为0，且未按规定缴纳税款，可能构成偷税漏税行为，面临行政处罚或刑事责任。

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